Die Nikolaus-Kirche ist die älteste Hallenkirche im Osnabrücker Land und wurde aus Sandstein errichtet, der im so genannten Benno-Steinbruch des Dörenbergs gebrochen wurde. Die mittelalterliche Kirche hatte Eingänge für Frauen (an der Nordseite) und für Männer (an der Südseite), die später zugemauert wurden.
Zur Ausstattung der Kirche gehört ein Taufbecken aus Bentheimer Sandstein, das im 13. Jahrhundert entstand. Die Skulptur „Anna Selbdritt“ (Anna, Maria und das Jesuskind) stammt aus der Zeit um 1515. Sie kommt aus dem Wallfahrtsort St. Annen (Schiplage) bei Melle, der von 1514 bis 1651 von Iburger Patres betreut wurde.Zur Innenausstattung der Kirche gehören drei Epitaphien des Bildhauers Adam Stenelt, mehrere Statuen (Nikolaus, König David, eine Schmerzhafte Mutter) sowie drei Altäre und die ehemalige Kommunionbank, aus welcher der heutige Altar zusammengefügt wurde.
Der Hochaltar der Fleckenskirche zeigt den heiligen Johannes den Täufer sowie den Mönchsvater Benedikt. Dieser Altar wurde aus Teilen eines früheren Hochaltars der Iburger Klosterkirche zusammengesetzt.
Nach der Aufhebung des Klosters Iburg wurde die frühere Klosterkirche St. Clemens der örtlichen Kirchengemeinde als Pfarrkirche überlassen. Endgültig ging sie 1836 in den Besitz der Pfarrei über. Somit wechselte auch der Namen der Pfarrei: An Stelle des heiligen Bischofs Nikolaus wurde nun Papst Clemens von Rom der Patron der Gemeinde.
Die Fleckenskirche wurde zur Filialkirche, in der bis heute Werktagsmessen und Begräbnismessen gefeiert werden.
Bis 1837 befand sich der Friedhof für die Einwohner des Fleckens um die Fleckenskirche. Seitdem wurden die Toten auf dem heutigen Alten Friedhof bestattet.
Patronatsfest der Kirche ist der 6. Dezember, der Gedenktag des Bischofs Nikolaus von Myra in der heutigen Türkei.
Kirchweihfest der Fleckenskirche ist der Sonntag nach dem Fest des hl. Ägidius (1. September).